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酶標儀是一種精密的光學儀器，因此良好的工作環境不僅能確保其準確性和穩定性，還能夠延長其使用壽命。儀器應放置在無強磁場和干擾電壓的位置，放置在噪音低于40分貝的環境下。為延緩光學部件的老化，應避免陽光直射，酶標儀操作環境溫度應在15°C——40°C之間，環境濕度在15%——85%之間，操作時電壓應保持穩定，操作環境空氣清潔，避免水汽、煙塵，保持干燥、干凈、水平的工作臺面，以及足夠的操作空間。酶標儀閾值附近實際上是個灰區，不能截然分為陰性、陽性，國外廠家均要求對這部分可疑標本進行奇數次復檢，以次數多者為準，如一次陽兩次陰后判為陰，但實際上是否為陰不好說，只有判為可疑，臨床上可以讓患者過一段時間后再測。

許多醫院在使用酶標儀之前是通過目測判斷結果，操作過程隨意性較大，在使用酶標儀后操作必須規范。使用移液器加液，移液槍頭不能混用，洗板要干凈，避免交叉污染，嚴格按照試劑盒的說明書操作，反應時間準確。請勿將樣品或試劑灑到儀器表面或內部，操作完成注意做好清潔工作。酶標儀不要在測量過程中關閉電源，對于因試劑盒問題造成的測量結果的偏差，應根據實際情況及時修改參數，以達到佳效果，使用后蓋好防塵罩，出現技術故障時應及時與廠家，切勿擅自拆卸酶標儀。肉眼觀察稍顯色，酶標儀打印為陰性的標本在實際工作中是難以避免的，肉眼目測結果不可靠，應以酶標儀判讀為準，由陰性變為強陽性原因多為操作過程中漏加試劑等有關。臨界值附近標本波動為正常現象，任何試劑均不可避免。可以考慮將標本做奇數次復檢。